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注册公司自己交社保和作为灵活就业人员交社保，退休年限是一样的。
无论是通过公司缴纳社保还是作为灵活就业人员缴纳社保，只要达到退休的条件，即达到法定退休年龄并累计缴费满十五年，就可以依法享受养老保险待遇并领取养老金，对于退休年限来说，两种方式是一致的。
不过需要注意的是，个人缴纳社保和单位缴纳社保在计算退休待遇时可能存在差异，在单位参保时，个人所缴纳的社保费用较少，大部分由单位承担，而在个人缴纳社保的情况下，所有的费用都需要个人承担，在缴费基数和缴费年限相同的情况下，个人缴纳社保的退休金可能会比单位缴纳社保的退休金低一些，但这与个人选择的工作方式有关，与退休年龄无关。
仅供参考，建议咨询当地社保相关部门或机构以获得更准确的信息。